Air limbah yang berasal dari seluruh kegiatan di rumah sakit perlu dikelola dengan baik agar tidak berdampak buruk terhadap kesehatan lingkungan. Oleh karena itu rumah sakit perlu menggunakan jasa kontraktor IPAL rumah sakit untuk pembuatan IPAL dengan kualitas baik sebagai pengolah air limbah yang telah dihasilkan. Dalam penggunaan IPAL sendiri, ada sistem pengolahan air limbah rumah sakit yang harus dipenuhi.
Dari 3 sistem pengolahan air limbah, diantaranya sistem pengolahan fisik, sistem pengolahan kimia, dan sistem pengolahan biologis, rumah sakit menggunakan sistem pengolahan biologis. Alasan rumah sakit menggunakan sistem pengolahan biologis sebab rumah sakit merupakan tempat yang lebih banyak menghasilkan limbah yang memiliki kandungan organik cukup tinggi.
Sistem pengolahan biologis ini merupakan sistem pengolahan limbah yang memanfaatkan mikroorganisme untuk menguraikan bahan-bahan organik yang ada pada air limbah menjadi lebih kecil potensi bahayanya. Sehingga tidak menimbulkan keracunan atau kematian pada biotik akibat menurunnya kadar dissolved oxygen (oksigen terlarut) atau tidak menjadi penyebab rusaknya ekosistem.
Prinsip kerja dari sistem pengolahan biologis ini yaitu dengan menggunakan media penunjang yang digunakan sebagai tempat hidup mikroorganisme. Mikroorganisme yang berada dalam media tersebut diharapkan dapat hidup secara melekat maupun sementara waktu agar dapat membantu penguraian kandungan organik pada air limbah secara maksimal.
Proses biologis dalam pengolahan limbah sendiri dapat dilakukan dengan 3 macam kondisi. Dimulai dari kondisi anaerobik atau kondisi tanpa udara, lalu dengan kondisi anoxic atau dengan kondisi yang menggunakan oksigen terikat, serta dapat dilakukan dengan kondisi aerobic atau kondisi yang menggunakan udara.
Untuk proses anaerobic biasanya dapat dilakukan untuk menguraikan air limbah yang memiliki beban Biological Oxigen Demand (BOD) yang cukup tinggi. Sedangkan proses aerobic dapat dilakukan untuk menguraikan air limbah yang memiliki bebab Biological Oxigen Demand (BOD) yang tidak terlalu tinggi.
Lalu untuk rumah sakit yang berukuran kecil sampai rumah sakit yang berukuran sedang, biasanya menggunakan proses gabungan antara biofilter anaerobik dan aerobik untuk melakukan pengolahan air limbah. Sebab proses pengelolaan gabungan dari biofilter anaerobic dan aerobic ini bisa dikatakan lebih mudah, bisa dikelola di lahan yang tidak terlalu luas, lebih hemat biaya, dapat digunakan untuk limbah yang memiliki beban BOD besar.
Proses penggabungan antara biofilter anaerobik dan biofilter aerobik ini akan menghasilkan sesuatu yang baik. Biofilter anaerobik dapat menguraikan polutan organik yang berasal dari limbah menjadi gas karbon dioksida dan methan, proses penguraian tersebut tidak menggunakan energy (blower udara) tetapi amoniak dan gas hydrogen sulfide tidak akan hilang. Sehingga bisa dikatakan proses anaerobik hanya menurunkan polutan organik.
Oleh karena itu proses pengolahan air limbah dilanjutkan dengan melakukan biofilter aerobik, hal tersebut dilakukan untuk dapat menurunkan polutan dari biofilter anaerobiok yang masih tersisa terurai menjadi karbon dioksida dan air. Lalu amoniak akan terkena proses oksidasi menjadi nitrit sampai selanjutnya menjadi nitrat. Sedangkan gas hydrogen sulfide akan diubah menjadi sulfat.
Dari hasil pengolahan air limbah dengan menggabungkan proses biofilter anaerobik dan proses biofilter aerobik pasti akan menghasilkan air olahan yang berkualitas baik. Lalu untuk sisa air limbah yang telah masuk ke bak pengumpul akan dipompa ke bak pengendap awal untuk mengendapkan partikel lumpur dan pasir yang selanjutnya akan dibuang ke sungai atau saluran umum.